应用金融系成立于2008年，前身为信用管理系，隶属于应用经济学一级学科。应用金融系拥有完整的教学层次和坚实的教学平台，其中本科教学层次设有金融科技专业（2025年获批，吉林省一流本科专业建设点），是东北地区首个“985”“双一流”高校建设专业，参与美国威斯康星大学麦迪逊分校3+1+1本硕连读项目。金融科技本科专业主要培养掌握经济、金融理论和现代信息科技知识，以及数理统计和计量经济基本分析方法，熟悉金融实务操作和信息科技技术，具备运用大数据、区块链、人工智能等前沿科技进行金融分析和管理的能力，能够胜任银行科技、证券智能投顾与交易、保险科技、监管科技等领域的创新型、复合型、应用型人才。研究生教学层次设有金融学硕士点、博士点和博士后流动站，下设金融学理论与政策、金融市场与公司金融、金融工程与衍生金融工具、国际金融、金融科技研究方向。另外，吉林大学农村金融研究中心、吉林大学数字普惠金融研究中心依托应用金融系建设。
应用金融系拥有一支高水平的师资队伍，现有教师15人。其中教授7人（其中吉林大学资深教授1人，匡亚明学者卓越教授1人，匡亚明学者英才教授2人），副教授6人（其中匡亚明青年学者1人），讲师2人。本系教师在金融和金融科技领域的教学与科研中取得了丰硕的成果，在《中国社会科学》、《经济研究》、《管理世界》、《金融研究》、《世界经济》、《数量经济技术经济研究》、《中国工业经济》以及SSCI等国际期刊上累计发表论文120多篇；系内教师主持的科学研究项目主要包括：国家社科基金重大项目3项，教育部重大课题攻关项目1项，教育部基地重大项目11项，国家社科基金重点项目1项、国家自然科学基金项目4项、国家社科基金面上项目16项、国家社科基金青年项目1项、教育部一般项目10项。
应用金融系在教学中一直坚持以学生为中心，坚持本科生与研究生的精品教育，在培养学生扎实的金融及金融科技理论功底和科学思维的同时，注重学生的创新与管理能力。本系毕业生综合素质高、适应面广、发展潜力大，在各类毕业招聘中优势突出。本科毕业生适用于金融科技产品研发、智能投顾、智能风控和智能监管等业务岗位工作；硕士和博士生毕业生适应于在大型国际化企业、银行、政府部门和事业单位从事经济、金融、投资工作以及在高校、研究机构从事教学研究工作。
